L'Agenzia è soggetta a procedura di controllo sulla base di quanto previsto dalla Legge Regionale 15 maggio 1995, n. 14, Indirizzo, controllo, vigilanza e tutela sugli enti, istituti ed aziende regionali.
Corte dei Conti In questa sezione sono presenti tutti i rilievi della Corte dei conti ancorché non recepiti riguardanti l'organizzazione e l'attività delle amministrazioni stesse e dei loro uffici.